des innovations dans Bioinformatics : Outils apparaissants pour la découverte et le développement

Table des matières

Document de synthèse

• Bioinformatics dans l'ère d'omics
• Génomique et omics relatif de `
• Proteomics
• Metabolomics et biologie de systèmes
• Solutions de gestion de la connaissance
• Profils des entreprises choisies
• Tendances et opportunités

Chapitre 1 - Bioinformatics dans l'ère d'omics

• Quel est bioinformatics ?
• Utilisateurs des outils et des services de bioinformatics
• Les sciences de vie dans l'ère d'omics
• Aperçu d'omics
  • Génomique
  • Pharmacogenomics
  • Transcriptomics
  • Proteomics
  • Metabolomics
  • L'autre omics
• Contexte sur la découverte et le développement de drogue
• Types de drogues en cours de développement
  • Petites molécules
  • Biotherapies à base de protéines
  • Biotherapies à base d'acide nucléiques
• Le procédé de découverte et de développement de drogue
  • Met en scène (US)
  • Rôle des biomarkers
• Bioinformatics dans la découverte et le développement de drogue
• Des données biologiques à la connaissance de drogue

Chapitre 2 - Génomique et omics relatif

• Résumé
• Contexte
• Catégories d'analyse genomic
• Ordonnancement
  • Ordonnancement de la deuxième génération
• Genotyping et expression de gène
  • Microarrays d'ADN
• Valeur d'analyse genomic à l'industrie de drogue
• Solutions de Bioinformatics
• Analyse d'ordonnancer des données
  • Bases de données d'ordre
  • Outils de recherche d'ordre
  • Outils d'alignement multiples d'ordre
  • Orientation sur RNAs
  • Finissage et annotation de génome
  • Plateformes de Microarray
  • Affymetrix
  • Illumina
  • Technologies d'Agilent
  • Biosystèmes appliqués
• études Génome-larges d'association
• Autre avance

Chapitre 3 - Proteomics

• Résumé
• Contexte
• Catégories d'analyse proteomic
• Séparation de protéine
• Identification de protéine
  • Spectrométrie de masse
  • Microarrays de protéine
• Détermination de structure
• Valeur d'analyse proteomic à l'industrie de drogue
• Solutions de Bioinformatics
• Analyse d'ordonnancer des données
  • Bases de données d'ordre
  • Outils de recherche d'ordre
  • Outils d'alignement multiples d'ordre
• Dans la découverte de drogue de silico
• Analyse et intégration de données
  • Technologies d'Agilent
  • Biosystèmes appliqués
  • BioWisdom
  • Bruker Daltonics
  • Genève Bioinformatics
  • GeneLogics
  • Health Discovery Corporation
  • Dynamique non linéaire
  • Recherche de Sauge-n
  • Scientifique thermo
  • Vermillon

Chapitre 4 - Metabolomics et biologie de systèmes

• Résumé
• Contexte
• Metabolomics
• Introduction
• Valeur à l'industrie de drogue
• Solutions commerciales de bioinformatics
• Biologie de systèmes
• Introduction
• Valeur à l'industrie de drogue
  • Initiatives chez grand Pharma
• Élans
• Dans les modèles mathématiques de silico
  • Le langage de marge bénéficiaire bénéficiaire de biologie de systèmes
• Publiquement procurable modelant le logiciel
• Outils commerciaux d'analyse de voie
  • Génomique d'Ariadne
  • GeneGo
  • Systèmes d'ingéniosité
• Technologies modelantes commerciales
  • Médecine de BG
  • Cellnomica
  • Compugen
  • CuraGen
  • Entelos
  • Genstruct
  • Genomatix
  • Genomatica
  • Les sciences de réseau de gène
  • Health Discovery Corporation
  • Pharmaceutiques de Merrimack

Chapitre 5 - Solutions de gestion de la connaissance

• Résumé
• Introduction
• Fournisseurs du calcul à rendement élevé
• Fournisseurs des systèmes de mémoire
• solutions Web-basées
• Ontologies
• Partage de la connaissance
• Le Web sémantique
• Logiciel pour appuyer des laboratoires de R&D
• Abrevity
• Accelrys
• Technologies d'Agilent
• BioWisdom
• CambridgeSoft
• Elsevier MDL
• Geospiza
• GeneLogics
• Informatique d'E/S
• KOOPrime
• LabVantage
• MathWorks
• NextBio
• Oracle
• SAS
• Symyx
• Teranode
• Fisher thermo scientifique
• Texte recherchant et extrayant
• QUOSA
• Linguamatics
• Inforsense
• Perspicace
• Nervana
• Vitesse
• Solutions cliniques d'épreuves
• Systèmes d'adobe
• Infosys
• Oracle
• Pharsight

Chapitre 6 - Profils des entreprises choisies

• Résumé
• Accelrys inc.
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• collaborations Bioinformatics-connexes
• Affymetrix inc.
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• Technologies inc. d'Agilent
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• Pharmaceutiques inc. d'Avalon
• Entreprise aperçu
• collaborations Bioinformatics-connexes
• Médecine inc. de BG
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• BioWisdom Ltd
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• Les sciences de vie d'étrier inc.
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• Compugen Ltd
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• collaborations Bioinformatics-connexes
• CuraGen Corporation
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• Entelos inc.
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• Genstruct inc.
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• collaborations Bioinformatics-connexes
• Les sciences inc. de réseau de gène
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• collaborations Bioinformatics-connexes
• GeneGo inc.
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• collaborations Bioinformatics-connexes
• Health Discovery Corporation
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• Illumina inc.
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• collaborations Bioinformatics-connexes
• Systèmes inc. d'ingéniosité
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• collaborations Bioinformatics-connexes
• Insightful Corp
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• collaborations Bioinformatics-connexes
• NextBio
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• collaborations Bioinformatics-connexes
• Institut inc. de SAS
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics
• collaborations Bioinformatics-connexes
• Vermillon inc.
• Entreprise aperçu
• Outils et services de Bioinformatics

Chapitre 7 - Tendances et opportunités

• Résumé
• Les besoins et sentiment d'utilisateur
• Apparaître tend dans l'évolution du marché
• découverte Bioinformatics-permise de biomarker
• La promesse de la technologie sémantique de Web
• Faciliter la mise en place des systèmes de TI
• Instantané et prévisions du marché
• Génomique et omics relatif
• Proteomics
• Biologie de systèmes
• Gestion de la connaissance d'entreprise de la science de vie
• Évaluations du marché

Chapitre 8 - Appendice

• Méthodologie de recherches
• Incrément

Liste de Schémas

• Schéma 2.1. : Une entrée de GÈNE d'Entrez, la surface adjacente Web-basée des USA le NCBI à GENBANK
• Schéma 2.2. : Contexte de Genomic du gène de myostatin (GDF8) utilisant le visualisateur de carte de NCBI
• Schéma 2.3. : Page de recherche de microInspector
• Schéma 2.4. : Page de recherche de la base de données de miRNA (miRBase)
• Schéma 2.5. : le miRBase vise la base de données, une ressource neuve pour les cibles de prévision de miRNA dans animals69
• Schéma 2.6. : Cibles humaines prévues de Genomic pour le miRNA de hsa-let-7g*
• Schéma 2.7. : Page de recherche de créateur de siRNA de Dharmacon
• Schéma 3.8. : Page avançée de recherche de la banque de données de protéine (PDB), le dépôt central pour l'information à trois dimensions de structure de protéine
• Schéma 3.9. : Entrée de PDB pour le complexe du récepteur d'acétylcholine avec le carbamylcholine (1UV6)
• Schéma 3.10. : Résultats d'une recherche dans l'UniProt KnowledgeBase (Suisse-PROT et TrEMBL) pour des phosphatases de kinase de CARTE
• Schéma 3.11 : Dossier partiel d'UniProt pour la phosphatase duelle 2 de kinase de CARTE de/de la phosphatase 4 de protéine de spécificité (DUSP4)
• Schéma 3.12 : Dispositif d'alignement de caractéristique d'UniProt pour la phosphatase duelle 4 (DUSP4) de protéine de spécificité
• Schéma 3.13 : UniProt ordonnance au moins 90% semblable pour conjuguer la phosphatase 4 (DUSP4) de protéine de spécificité
• Schéma 3.14 : En première page de la ressource de protéine kinase, université de la Californie à San Diego
• Schéma 3.15 : UniProt ordonnance au moins 90% semblable pour conjuguer la phosphatase 4 (DUSP4) de protéine de spécificité
• Schéma 4.16. : Procédé de développement de modèle de biologie de systèmes de SimPheny™ de Genomatica

Liste de Tableaux

• Tableau 2.1 : Analyses de Bioinformatic des ordres de DNA/RNA
• Tableau 2.2 : Cotisation de Bioinformatics à la découverte Génomique-Basée de drogue
• Tableau 2.3 : Bases de données et outils en ligne pour analyser des ordres et des signaux d'ADN
• Tableau 2.4 : Principaux serveurs de comparaison d'ordre
• Tableau 2.5 : Applications et saveurs de SOUFFLE
• Tableau 2.6 : Par paires programmes en ligne de cadrage
• Tableau 2.7 : Outils d'alignement multiples d'ordre
• Tableau 2.8 : Prévision secondaire de structure d'ARN
• Tableau 2.9 : ressources de miRNA et de siRNA
• Tableau 2.10 : Choisi génome-ordonnançant des modules
• Tableau 2.11 : Phylogénie et Orthology
• Tableau 2.12 : Résumé des gènes brevet-connexes dans les organismes principaux
• Tableau 3.13 : Rôle de Bioinformatics en diagnose et thérapeutique de protéine
• Tableau 3.14 : Bases de données choisies de protéine
• Tableau 3.15 : Outils en ligne à déterminer des segments de transmembrane de protéine
• Tableau 3.16 : Principales ressources d'identification de domaine de protéine
• Tableau 3.17 : Prévision de structure de protéine
• Tableau 4.18 : Logiciel pour la biologie de systèmes
• Tableau 7.19 : Marché de Bioinformatics du monde, 2006-2011